Οι συσχετισμοί της Εκκλησίας με τη Χρυσή Αυγή έφεραν την αντίδραση του Γιώργου Κουμουτσάκου. Ο τομεάρχης Εξωτερικών της Νέας Δημοκρατίας, μιλώντας στο Αθηναϊκό Πρακτορείο, τόνισε πως ο υπουργός Εξωτερικών Νίκος Κοτζιάς θα πρέπει να ανακαλέσει για τα όσα είπε κατά της Εκκλησίας, συγκρίνοντάς τη με το ακροδεξιό κόμμα της Χρυσής Αυγής.

«Ακούμε με προσοχή και σεβόμαστε τις απόψεις της Εκκλησίας της Ελλάδος για το Σκοπιανό, η οποία άλλωστε είναι λογικό να έχει ιδιαίτερη ευαισθησία και να ενδιαφέρεται και για την έντονη εκκλησιαστική διάσταση του θέματος. Σε αυτές τις περιπτώσεις, την αποκλειστική ευθύνη των διαπραγματεύσεων, όπως πάντα, την έχουν οι κυβερνήσεις, οι οποίες και γνωρίζουν όλες τις πτυχές των σύνθετων ζητημάτων της εξωτερικής πολιτικής.

Είναι όμως απολύτως απαράδεκτο και προσβλητικό να ταυτίζει η ηγεσία του υπουργείου των Εξωτερικών τις εθνικές ευαισθησίες και τον πατριωτισμό με τον εξτρεμιστικό εθνικισμό της Χρυσής Αυγής. Ο κ. Κοτζιάς διέπραξε ένα τεράστιο ατόπημα που οφείλει να διορθώσει άμεσα» είπε χαρακτηριστικά ο κ. Κουμουτσάκος.