έχει μια πρωτοτυπία: είναι πλήρως λειτουργική εκκλησία και παράλληλα ένας σπουδαίος αρχαιολογικός χώρος.
Οι ανασκαφές που έγιναν μετά την καταστροφική πυρκαγιά του Σεπτεμβρίου του 2005, αποκάλυψαν άλλες τέσσερις οικοδομικές φάσεις, που πλέον είναι ορατές στο κοινό μέσα από το γυάλινο δάπεδο, το οποίο καλύπτει ένα μεγάλο μέρος του ναού.
Η Εφορεία Αρχαιοτήτων Χαλκιδικής και Αγίου Όρους αναδεικνύει την ιστορία του χώρου που ξεκινά από τα πρώτα χριστιανικά χρόνια και φτάνει μέχρι τον σημερινό μεταβυζαντινό ναό, μέσα από μια σειρά εκπαιδευτικών επισκέψεων, οι οποίες ολοκληρώνονται στις 18 και 19 Αυγούστου με ξεναγό την αρχαιολόγο Ελένη Στούμπου-Κατσαμούρη.
Στο σημείο όπουβρίσκεται σήμερα ο ναός του Αγίου Στεφάνου, τον 5ο αιώνα χτίστηκε μια παλαιοχριστιανική τρίκλιτη βασιλική μεγάλου μεγέθους, ενώ τον 10ο αιώνα ένας μικρός βυζαντινός ναός ανεγέρθηκε στο ανατολικό τμήμα του κεντρικού κλίτους. Ο μικρός αυτός ναός καταστράφηκε από σεισμό ή άλλη αιτία και τον 14ο αιώνα ανεγέρθηκε ένας άλλος που κι αυτός φαίνεται να καταστράφηκε χωρίς να υπάρχουν πολλές πληροφορίες πότε και γιατί.
Σύμφωνα με την επιγραφή που υπάρχει στην είσοδο, ο σημερινός ναός ανεγέρθηκε το 1812 με τη μορφή τρίκλιτης βασιλικής και το καμπαναριό χρονολογείται στα 1889, στη δε προηγούμενη φάση του και συγκεκριμένα το 1775 πέρασε από εκεί και δίδαξε ο Άγιος Κοσμάς ο Αιτωλός.
Στην περιοχή υπήρχε μετόχι της Μονής Κωνσταμονίτου του Αγίου Όρους, της οποίας το Καθολικό είναι αφιερωμένο στον Άγιο Στέφανο κι έτσι η εκκλησία τιμά την μνήμη του.
Κατά την επανάσταση του 1821 το μετόχι κάηκε εκ θεμελίων, όπως και όλο το χωριό, οι κάτοικοι του οποίου το εγκατέλειψαν και διασκορπίστηκαν στη γύρω περιοχή. Αργότερα επέστρεψαν, ξαναέκτισαν το χωριό και την εκκλησία, στην οποία τοποθέτησαν ξύλινο τέμπλο και περίτεχνο δεσποτικό θρόνο, από τους λίγους ξυλόγλυπτους στην περιοχή. Το μοναδικής τεχνικής τέμπλο ήταν δωρεά της μονής Κωνσταμονίτου και περιελάμβανε 70 μικρότερες ξύλινες εικόνες και 14 μεγάλες επενδυμένες με ασήμι.
Το βράδυ της 5ης Σεπτέμβριου του 2005 μια μεγάλη φωτιά έκανε στάχτη στον Ιερό Ναό του Αγίου Στεφάνου. Η πυρκαγιά ξεκίνησε από το εσωτερικό και η καταστροφή ήταν ολοκληρωτική. Η στέγη κατέρρευσε και η πύρινη λαίλαπα έκανε στάχτη τις πολύτιμες εικόνες, τα βιβλία, κειμήλια και αντικείμενα ανεκτίμητης ιστορικής και καλλιτεχνικής αξίας, το μοναδικής τεχνοτροπίας επαργυρωμένο και επιχρυσωμένο ξύλινο τέμπλο. Διασώθηκαν μόνο κάποια μεταλλικά σκεύη, εικόνες και βιβλία που ήταν στο υπερώο και απομακρύνθηκαν έγκαιρα.
Το υπουργείο Πολιτισμού, μέσω της αρμόδιας Εφορείας (τότε 10η Εφορεία Βυζαντινών Αρχαιοτήτων), αλλά και όλοι οι φορείς της Αρναίας συμμετείχαν στο ηράκλειο έργο της αποκατάστασης.
Και τότε έγινε η μεγάλη αποκάλυψη. Στη διάρκεια των εργασιών η αρχαιολογική σκαπάνη σκόνταφτε σε παλαιότερες οικοδομικές φάσεις και έφερε στο φως τμήμα τρίκλιτης παλαιοχριστιανικής βασιλικής που χρονολογείται γύρω στο 400 μ.Χ., έναν μικρό μονόχωρο βυζαντινό ναό του 10ου-11ου αιώνα στο ανατολικό τμήμα του κεντρικού κλήτους, τοιχογραφικό διάκοσμο και ένα μεγάλο ορθογώνιο μεταβυζαντινό οικοδόμημα χωρίς κόγχη του 16ου-17ου αιώνα.
Άγνωστο πότε, ίσως τα τέλη του 17ου αιώνα, ο ναός καταστράφηκε για να χτιστεί σε μεγαλύτερες διαστάσεις (το ανατολικό του τμήμα), ενώ το 1812 προστέθηκε το δυτικό τμήμα.
Βρέθηκαν, επίσης, 15 τάφοι, που χρονικά ανάγονται από την παλαιοχριστιανική εποχή έως και τον 16ο αιώνα, νομίσματα, πήλινα και γυάλινα δοχεία, τοιχογραφίες, αντικείμενα λατρείας, που καλύπτουν όλες τις φάνεις της λατρείας από την παλαιοχριστιανική εποχή ως την τουρκοκρατία.
Ό,τι βρέθηκε διατηρήθηκε αναλλοίωτο στη θέση του και στο τσιμεντένιο δάπεδο του ναού παρεμβάλλονται μεγάλα κενά, καλυμμένα με ανθεκτικό γυαλί, έτσι ώστε οι προγενέστερες φάσεις να είναι ορατές. Πάνω σε αυτά τα ειδικά διαφανή πάνελ, οι επισκέπτες μπορούν να σταθούν, να περπατήσουν ή να εκκλησιαστούν, παρατηρώντας συγχρόνως φωτισμένο και ειδικά διαμορφωμένο τον αρχαιολογικό χώρο και τα ευρήματα που ανακαλύφθηκαν κάτω από το ναό.
Έτσι ο Μητροπολιτικός Ναός του Αγίου Στεφάνου στην Αρναία έχει τη μοναδικότητα να είναι τόπος θρησκευτικής λατρείας και ταυτόχρονα επισκέψιμος χώρος ιστορικού και αρχαιολογικού ενδιαφέροντος.
Στις ξεναγήσεις της Εφορείας Αρχαιοτήτων Χαλκιδικής και Αγίου Όρους η αρχαιολόγος Ελένη Στούμπου-Κατσαμούρη, περιγράφει την ιστορία του ναού, όλες τις ιστορικές του φάσεις, τις αρχαιολογικές έρευνες και τα όσα έφεραν στο φως και αποδεικνύει πώς η ιστορία του μνημείου συνυπάρχει με τη σύγχρονη χρήση του.
